Se entiende por compensación el proceso mediante el cual se descuentan de las cotizaciones recaudadas íntegramente e identificadas plenamente por las Entidades Promotoras de Salud, EPS, y demás entidades obligadas a compensar, EOC, para cada período mensual, los recursos destinados a financiar las actividades de promoción y prevención, los de solidaridad del régimen de subsidios en salud y los recursos que el sistema reconoce a las EPS y demás EOC por concepto de unidades de pago por capitación, UPC, así como los reconocidos para financiar el per cápita de las actividades de promoción y prevención, incapacidades por enfermedad general y licencias de maternidad y paternidad.
Como resultado de lo anterior, los recursos provenientes del superávit de las cotizaciones recaudadas se giran o trasladan por las EPS y EOC a las respectivas Subcuentas del FOSYGA y éste, a su vez, gira o traslada a las cuentas de las EPS y EOC las sumas que resulten a su favor.